Nacional solo enfrentó dos veces en su historia a Botafogo por la
Copa Libertadores. Fue en el año 1973 cuando tricolores y cariocas compartieron grupo con Peñarol y Palmeiras.
Ambos equipos uruguayos quedaron eliminados y solo le arrebataron un punto a los brasileños. Nacional de visitante a Palmeiras (1-1) y Peñarol de local a Botafogo (2-2).
Los duelos entre Nacional y Botafogo se jugaron el 24 de febrero de 1973 en Maracaná con triunfo de los locales 3 a 2 con goles de Marinho, en dos ocasiones y el campeón mundial en México 1970, el puntero derecho Jairzinho. Para los albos anotaron Ildo Maneiro y Luis Cubilla.
Nacional formó con Manga; Ángel Brunel, Juan Masnik; Luis Ubiña, Néstor Soria, Juan Carlos Blanco; Luis Cubilla, Víctor Espárrago, Juan Carlos "Palito" Mamelli, Ildo Maneiro y Walter Mantegazza.
El equipo de Botafogo jugó con Wendell, Valtencir, Brito, Osmar, Marinho, Nei, Carlos Roberto, Dirceu, Zequinha, Jairzinho y Roberto.
La revancha fue el 17 de marzo en el Centenario. Volvió a ganar Botafogo, 2 a 1, con goles de Roberto y Jairzinho. Wahington Calcaterra marcó para los tricolores. El único cambio entre los titulares fue Washington Abad por Mamelli.
Botafogo tuvo que jugar un desempate ante Palmeiras y lo ganó para avanzar a semifinales igualando su mejor actuación histórica en el torneo. En el grupo semifinal fue tercero detrás de Colo Colo y Cerro Porteño quedando eliminado.
Las participaciones de Botafogo en la Libertadores
1963: eliminado en semifinales por Santos
1973: eliminado en semifinales por Colo Colo
1996: eliminado en octavos de final por Gremio
2014: superó la primera fase (contra Deportivo Quito) y fue último en el grupo 2
2017: primero en el grupo A.